Der Träger des Haus für Kinder St. Michael ist die Katholische Pfarrkirchenstiftung Aufhausen.
Dieses Gremium setzt sich zusammen aus Vertretern der Kirchenverwaltung, und dem jeweiligen Pfarrer des Pfarrverbandes als Vorsitzenden.
Ein Verwalter des Caritasverbandes ist für die Geschäftsführung zuständig, regelt und überwacht Personalangelegenheiten, sowie den Haushaltsplan.
Der Träger finanziert den laufenden Betrieb aus den monatlichen Elternbeiträgen und Spenden, sowie durch die staatliche, Kind bezogene Förderung und Zuschüsse der Kommunen.
